La fundación de esta Hermandad ocurrió a finales del reinado de Felipe II, siendo Obispo de Jaén D. Francisco Sarmiento Mendoza (1580-1598). Tuvo lugar el día 17 de Marzo de 1593, día en que se bendijo la imagen del Santísimo Cristo de la Clemencia por el Prior del Real Convento de Santa Catalina, el muy Reverendo Padre Fray Alonso de Sepúlveda.

La imagen del Cristo la hizo uno de los mejores escultores de los que ejercían en Jaén, Salvador de Cuéllar, entregándole en pago el Hermano Mayor de entonces, mil quinientos reales convenidos que se sacaron de los dos cabos de año últimos, más de “almonedas” que se hicieron y de las limosnas recogidas.

La Cofradía del Santísimo Cristo de la Clemencia, fue fundada en el Real Convento de Santa Catalina Mártir, de la Orden de Predicadores y tras la aprobación de sus primitivos Estatutos en 1593, éstos fueron renovados y nuevamente aprobados por el Obispo D. Andrés de Cabrejas, el 23 de Abril de 1746, encontrándose enclavada en este segundo período en el Convento de Santo Domingo, donde permaneció hasta el año 1833. En sus orígenes prevalecía en ella la cualidad de hermandad para fines benéficos entre sus hermanos al ayudarse entre sí, especialmente para costear los entierros y sufragios de los cofrades que fallecían y para su socorro en caso de enfermedad, epidemias, curación en hospitales o desgracias muy acusadas.

Al frente de la hermandad había un Mayordomo o Hermano Mayor al que, desde el año 1774, se llamó Gobernador, título que aún perdura en esta Cofradía. Como nota peculiar es que podía ocupar el cargo de Hermano Mayor una mujer, siempre que fuese cofrade. Así ocurrió en 1786, año en el que desempeñó el cargo Ana de Torres. En algunas ocasiones algún cofrade solicitaba el cargo de Hermano Mayor por tener hecha promesa al Cristo y era costumbre acceder a su petición.

En un principio la fiesta del Cristo se celebraba el Domingo de Carnestolendas o quincuagésima, en vísperas de cuaresma, pero en 1767 en el cabildo se acordó que se pasara al segundo domingo de Mayo “por ser tiempo más desocupado y oportuno”, evitando así coincidir con la recolección de la aceituna. Esta fiesta al titular se mantiene en la actualidad con la celebración de misa y posterior invitación a degustar los típicos garbanzos tostados.

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El Cristo de la Clemencia tenía una peluca y sudario y cíngulo para sujetarlo, pero cuando los franceses se hicieron dueños de la ciudad en 1810, la iglesia de los Dominicos fue profanada, destrozando las capillas y despojando al Santísimo Cristo de la Clemencia de sus vestiduras, los clavos, la corona y las potencias de plata.

Entonces los hermanos acordaron sacar del convento la imagen del Cristo y lo llevaron en depósito a la Parroquia de San Miguel, retornando en procesión en Septiembre de 1814 hasta su Iglesia de Santa Catalina, instalándolo nuevamente en su camarín.

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En Santo Domingo permaneció la Cofradía y el Cristo de la Clemencia hasta que el gobierno de Mendizábal suprimió en España las órdenes religiosas y se cerró el convento de Santo Domingo en 1835. Entonces la Hermandad vino en decadencia. La imagen del Cristo de la Clemencia pasó a la Iglesia de Santa María Magdalena, donde era venerada por sus devotos, hasta que se restableció allí mismo la Cofradía en 1850 y se redactaron nuevos estatutos que fueron destruídos en el transcurso de la guerra civil española.

De esta guisa continuó la Cofradía, que estuvo a punto de desaparecer definitivamente, hecho que no ocurrió gracias al empeño de D. Germán Bermúdez González y D. Cecilio Arrate Moreno, quienes tras confeccionar nuevos estatutos, aprobados por el obispo de la ciudad D. Rafael García de Castro en 1945, volvió a resurgir en esta ocasión como Cofradía Penitencial, siendo su primer Gobernador D. Francisco Vena Rodríguez, y primer Consiliario D. Antonio López Cruz. 

Nuevamente a finales de 1960 la cofradía, junto a sus titulares, hubo de ser trasladada, estableciéndose su sede en la Iglesia del antiguo Hospital San Juan de Dios, ya que el templo parroquial de la Magdalena permaneció cerrado más de dieciocho años. El coste real de su reapertura se elevaba a más de ocho millones de pesetas, gasto al que la Iglesia como tal, y dadas las muchísimas necesidades existentes no podía hacer frente por sí sola. Es entonces cuando los cofrades de esta hermandad, con gran esfuerzo personal y la inestimable ayuda altruista de algunos vecinos del barrio, se pone al frente de las obras y se puede hacer realidad lo que en un principio parecía un sueño, como apuntó en su día el párroco, D. Miguel Luque Pardo, quien Dios llamó a su lado cuando tan sólo faltaban los últimos retoques para abrir de nuevo el Templo en el que, bajo su dirección fueron instalándose imágenes, enseres, instalación eléctrica, etc, siendo nuevamente consagrada y abierta al culto de los fieles en ceremonia celebrada el 22 de Diciembre de 1985.

Esta Hermandad contó desde el principio con gran ambiente en el populoso barrio de la Magdalena, siendo siempre conocida por el gran arraigo que tiene en éste, en el que cada Martes Santo suenan interminables saetas, oración hecha canto a sus queridos titulares.

Así, a lo largo de estos setenta y cinco años, esta Cofradía retomada en vías de extinción, ha ido poco a poco creciendo en cofrades, en actos, en cultos, en enseres, en participación, logrando ser muy querida no sólo en su barrio de La Magdalena, sino extendiendo su fervor hasta el mismo corazón de Jaén.

Muchos son los logros alcanzados en estos últimos tiempos, como la creación de su cuerpo de costaleros, incrementado en 1992 con la incorporación de las mujeres a esta ardua tarea, convirtiéndose María Santísima del Mayor Dolor en la primera imagen de Semana Santa portada a hombros por costaleras en Jaén. Igualmente se ha creado el grupo joven, especialmente destinado a la formación e incorporación de las nuevas generaciones a la vida cristiana y cofrade.

Se han celebrado importantes efemérides, como el cuarto centenario de su fundación en 1993, el cincuentenario de su incorporación a la Semana Santa de Jaén en 1996, o el 425 aniversario de la bendición del Santísimo Cristo de la Clemencia en 2018.

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Las imágenes que actualmente procesiona esta Cofradía son: el paso de Nuestro Padre Jesús de la Caída, imagen donada en 1956 a la Cofradía por D. Francisco González Quero y realizada por el granadino Emilio Navas Parejo. Es de talla completa, aunque generalmente procesiona totalmente vestida.

En el segundo paso figura la imagen penitente de Santa María Magdalena, obra de finales del siglo XVIII atribuida a Mateo de Medina Monero, hijo del gran escultor José de Medina Anaya.  El Cristo de la Clemencia, junto al que procesiona, como queda apuntado es de Salvador de Cuéllar realizado en 1593.

A continuación, el paso de la Virgen del Mayor Dolor, imagen realizada por el escultor Alfredo Muñoz Arcos, igualmente propiedad de la Cofradía y que procesionó por primera vez en 1946.  Junto a ella procesiona desde 1971 San Juan Evangelista, obra de Pío Mollar Franch de 1927, adquirida por de la Cofradía procedente de la Parroquia de San Nicolás de Bari de Úbeda.